Alapjában tekintve a border collie egészséges fajta. Az öröklődő betegségek közül elsősorban a CEA/CH, cl,és tns betegségeket említhetjük meg, ezekre már genetikai teszt is van, ami azt jelentki, hogy kutya véréből ki tudják mutatni, hogy az adott egyed beteg vagy egészséges, esetleg egészséges, de magában hordozza a betegséget. Ezek ismertsége azért is nagyon fontos, hogy a tenyésztők a tenyészpár kiválasztásakor tudják, hogy melyik kutyához melyik pár illik leginkább nem csak külső tulajdonságok figyelembe vételével, hanem a genetika alapos áttanulmányozásával. Egy mentes kutyához bármilyen pár választható, hisz beteg kutyával történő fedeztetéskor is legrosszabb esetben is csak hordozó kutyusok születnek. Ők teljesen egészségesek, viszont szintén hordozóval történő pároztatás nem javasolt, hisz ekkor beteg kölykök is születhetnek.

Tenyésztők vitatkoznak azon, hogy mely kutyákat kell kizárni a tenyésztésből. A CEA,CH betegségek úgymond nem halálos betegségek, az idősdödő kutya életminőségét rontják, hisz csökkent látóképességet okoznak. A tns ebből a szempontból kiemelt fontosságú, hisz egy beteg kutya a legtöbb esetben néhány héten belül elpusztul. Véleményem szerint nem szabad kizárni a tenyésztésből CEA hordozó vagy beteg kutyákat, hisz lehet, hogy ők kimagaslő küllemmel, örökítő képességgel rendelkeznek, egyetlen ,,hátrányuk" az, hogy az adott betegséget örökítik. Gondos szelekcióval és párosítással viszont e kutya utódai mentessé tehetők úgy, hogy nem hagytunk a  kárba veszni egy kiemelkedő vonalat. Tns és cl esetében beteg kutyákról alig beszélhetünk, hisz sajnos nagy részük pár hetes korban elpusztul. Ezért kiemelkedő fontosságú, hogy hordozó kutyát csak mentessel fedeztessünk. Két hordozó kutya párosítása rendkívül kockázatos, hisz születnek beteg, hordozó és egészséges egyedek is. Ez utóbbit, csak akkor ,,kockáztatják" meg tenyésztők, ha más tulajdonságokban kimagaslót várnak az adott tenyészpártól.